Atualmente a classificação dos seres vivos aceita é a classificação de reinos criados pelo cientista sueco chamado Lineu. Lineu classificou os seres vivos em 5 reinos:


Formas unicelulares - os protozoários, geralmente divididos pela morfologia e locomoção em:
Flagelados (Ex. Giardia);
Risopodes (Ex. Ameba);
Esporozoários (Ex. Plasmodio); e
Ciliados (Ex. Paramício)
Flagelados (Ex. Giardia);
Risopodes (Ex. Ameba);
Esporozoários (Ex. Plasmodio); e
Ciliados (Ex. Paramício)

O Reino Fungi sofreu mudanças substanciais no arranjo dos vários filos nas últimas décadas, especialmente a partir do momento em que técnicas para comparar características bioquímicas (tais como RNA ribossômico e DNA) se foram tornando mais sofisticadas. A filogenia apresentada aqui segue a de Bruns et al. (1991, 1993) para os Eumycota' (fungos verdadeiros) e reconhece quatro divisões: os Chytridiomycota, Zygomycota, Ascomycota e Basidiomycota.
Os fungos ocorrem em todos os ambientes do planeta e incluem importantes decompositores e parasitas. Fungos parasitas infectam animais, incluindo humanos, outros mamíferos, pássaros e insectos, com resultados variando de uma suave comichão à morte. Outros fungos parasitas infectam plantas, causando doenças como o apodrecimento de troncos e aumentando o risco de queda das árvores. A grande maioria das plantas vasculares têm associações simbióticas com fungos, a nível da raiz, ao que se dá o nome de micorrizas. Esta associação ajuda as raízes na absorção de água e nutrientes.
Alguns fungos, tais como: Shiitake, Porto Bello, Champignon, shimeji, Maitake e Mexican Corn Smut, são utilizados como alimento; outros são extremamente venenosos.

No entanto, o termo planta, ou vegetal, é muito mais difícil de definir do que se poderia pensar. Lineu definiu o seu reino Plantae incluindo todos os tipos de plantas "superiores", as algas e os fungos. Depois de se descobrir que nem todas eram verdes, passou-se a definir planta como qualquer ser vivo sem movimentos voluntários. Aristóteles dividia todos os seres vivos em plantas (sem capacidade motora ou órgãos sensitivos), e em animais - esta definição foi aceite durante muito tempo. No entanto, nem esta definição é muito correcta, uma vez que a sensitiva (Mimosa pudica, uma leguminosa), fecha os seus folíolos ao mínimo toque, entre outras causas, como o fim do dia solar.
Quando se descobriram os primeiros seres vivos unicelulares, eles foram colocados, em termos gerais, entre os protozoários quando tinham movimento próprio. As bactérias e as algas foram colocadas noutras divisões do reino Plantae – no entanto, foi difícil decidir a classificação, por exemplo, de algumas espécies do gênero Euglena, que são verdes e altamente móveis.
A classificação biológica mais moderna – a cladística – procura enfatizar as relações evolutivas entre os organismos: idealmente, um taxon (ou clado) deve ser monofilético, ou seja, todas as espécies incluídas nesse grupo devem ter um antepassado comum.
Pode-se, então, definir o Reino Viridaeplantae ("plantas verdes") ou apenas Plantae como um grupo monofilético de organismos eucarióticos que fotossintetizam usando os tipos de clorofila a e b, presente em cloroplastos (organelos com uma membrana dupla) e armazenam os seus produtos fotossintéticos, tal como o amido. As células destes organismos são, também, revestidas duma parede celular constituída essencialmente por celulose.
De acordo com esta definição, ficam fora do Reino Plantae as algas castanhas, as algas vermelhas e muitos seres autotróficos unicelulares ou coloniais, actualmente agrupados no Reino Protista, assim como as bactérias e os fungos, que constitutem os seus próprios reinos.
Cerca de 300 espécies conhecidas de plantas não realizam a fotossíntese, sendo, pelo contrário parasitas de plantas fotossintéticas.

O estudo científico dos animais é chamado zoologia. Tradicionalmente, a zoologia estudava todos os seres vivos com as características descritas acima mas, atualmente, como resultado de estudos filogenéticos, consideram-se os Protista como um grupo separado dos animais.
Coloquialmente, o termo "animal" é freqüentemente utilizado para referir-se a todos os animais diferentes dos humanos e raramente para referir-se a animais não classificados como Metazoários
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